赤壁之战剧本中水战是核心玩法之一，玩家需要掌握舰船建造与使用的技巧。游戏内提供了走舸、蒙冲、斗舰、楼船等不同类型的船只，其中走舸是基础舰船无需建造，高级舰船则需要解锁船坞后才能建造。每种高级舰船都拥有基础、中级和高级三种特性，这些特性会船坞等级的提升逐步解锁。特别当部队在水上战斗中被击败时，所携带的舰船也会被摧毁，需要重新投入资源建造，所以在水面行动时需要谨慎规划避免不必要的损失。
水军兵种适性对水上战斗影响重大，这是赤壁之战剧本引入的新机制。发生水上战斗时，武将的水军兵种适性会直接带来全属性的增益或减益效果，适性越高则加成越大。即使某些武将初始水军适性较低，玩家也可以通过提升船坞等级来改善这一状况，当船坞达到满级3级时，所有上阵武将的水军适性都会提升至A级，这为玩家组建水战队伍提供了更多灵活性。
水域行军与陆地截然不同，水面不需要铺路即可自由行动，这意味着队伍在水上相遇就会立即交战。掌握巡航技巧尤为重要，通过让队伍在己方营帐之间调动可以实现满士气航行，这样遭遇敌人时不会处于劣势。联盟成员持续进行巡航不仅可以获取水面视野，还能及时掌握敌人动向，为整个联盟提供战略预警。
旗舰是赤壁之战中同盟层面的重要作战单位，占领特定港口后可以委任大都督建造旗舰。旗舰建造需要消耗同盟资源，其独特之处在于守军被击败后会自动恢复，且可以提升周围友军的士气恢复速度。不过旗舰也有着明确的限制，它只能执行行军指令，在受到攻击时无法移动和撤退，所以需要盟友的协同保护。
资源积累是赤壁之战剧本中不可忽视的基础环节。在新赛季开始前就应着手囤积资源，包括战法点所需的紫卡蓝卡、用于抽卡和购买道具的金铢等。如果时间充裕，建议提前将觉醒和兵书用掉的武将重塑释放出来，为开荒做好准备。资源管理要合理，比如战法点可以先各升到5级，后续再逐步提升，这样对资源的需求相对平滑。
