解锁松江府的南北仓城后，就会开启倭寇攻防玩法。进入布防模式后，点击地图上的空白格子进行占领，每个格子都得派遣一名居民作为负责人。在占领过程中，这名角色暂时无法执行建造、农牧或探险等其他任务，得等占领完成才能恢复使用。角色的属性会对布防效率有隐性加成，比如天极戚继光，进行布防时的进度可以提升30%。
布防时地图上的部分格子会随机出现事件，只有擅长探险属性的居民能高效解决这些问题，通常只需要消耗少量资源或时间。如果派遣非探险类角色处理，很可能会导致事件失败，让倭寇反超防御进度。日常提前储备足够的闲置角色，尤其是探险类居民。这样在布防时才不会因为角色都被其他任务占用，无法及时占领关键格子。毕竟倭寇入侵是随机触发的，临时调配角色很容易手忙脚乱。布防时不要盲目占领格子，优先选择靠近倭寇入侵路径的位置，这样能有效拦截倭寇的推进。同时也要注意占领资源点或交通枢纽类的格子，控制这些核心区域能提升防御效果。
除了角色准备，物资储备也很重要，事件解决可能会消耗蔬菜、原木等基础资源。日常要注意囤积这些物资，避免因资源不足导致事件处理失败。另外提前升级探险属性高的角色，比如徐霞客、沈万千等。能减少事件处理的时间，降低被倭寇拖延的风险。地图上直接出现的倭寇也要及时抓捕，不仅能获得画轴残片、补天石等奖励。如果防御失败导致仓库被毁，要立即组织人力物力重建仓库。重建完成后重新部署防御措施，这样才能避免后续倭寇再次入侵造成更大的损失。
